El río Beni, tiene una longitud aproximada de 1 150 km y es un río binacional, ya que discurre por la parte suroriental de Perú (655 km por la región de Madre de Dios) y noroccidental de Bolivia
El río Manú, tiene una longitud total de 356 km, nace en el parque nacional del Manú y desemboca en el Madre de Dios cerca de la ciudad homónima de Manú, tiene dos importantes afluentes, el río Providencia y el Piriquina
El río Inambari, tiene una longitud total de 390 km, pasa por la ciudad de Belem y desemboca en el Madre de Dios cerca de la ciudad homónima de Inambari
El río de Las Piedras, tiene una longitud total de 640 km, pasa por la ciudad homónima de Las Piedras y desemboca en el Madre de Dios en Puerto Maldonado (unos 40.000 habitantes), capital del departamento de Madre de Dios y de la provincia de Tambopata, su principal afluente es el río Pariamanu
El río Tambopata: tiene una longitud total de 350 km, pasa por la ciudad de San Rafael y desemboca en el Madre de Dios también en Puerto Maldonado, frente al río de Las Piedras, sus principales afluentes son los ríos Mosohuaico y Carama
El río Heath: un afluente por la derecha, que forma frontera internacional entre Perú y Bolivia, con una longitud total de 217 km
El río Sena: un afluente boliviano de la margen derecha en el curso bajo, que desemboca cerca de la ciudad homónima de Sena, su principal afluente es el río Manurimi
