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La taxonomía del conejo se encuentra muy enrevesada. Originalmente, esta especie fue descrita como Lepus cuniculus, por Linneo en 1758, compartiendo este género con otros lagomorfos como liebres y conejos del género Sylvilagus.

A finales del siglo XVIII, los conejos fueron descritos como Oryctolagus cuniculus por Lilljeborg, aunque entonces era reconocido como un subgénero de Lepus.

Dominio: Eukaryota, organismos formados por células eucariotas (con núcleo).

Reino: Animalia, animales.

Subreino: Eumetazoa, eumetazoos, son animales con presencia de tejidos.

Filo: Chordata, cordados, animales con notocorda.

Subfilo: Vertebrata, vertebrados, estos animales presentan columna vertebral.

Clase: Mammalia, son mamíferos con glándula mamarias para alimentar a la descendencia.

Subclase: Theria, terios, el embrión de la cría se desarrolla en el útero materno y no en un huevo.

Orden: Lagomorpha, lagomorfos.

Familia: Leporidae, lepóridos, liebres y conejos.

Género: Oryctolagus.

Especie: Oryctolagus cuniculus.

Subspecies: Oryctolagus cuniculus algirus y Oryctolagus cuniculus cuniculus.

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