Isaacs publicó en vida tres ediciones de María supervisadas por él. La primera se editó en Bogotá, en la imprenta de Gaitán, en 1867; la segunda, a cargo de don Fernando Pontón, en la imprenta de Medardo Rivas, Bogotá, 1869. Ignacio Rodríguez Guerrero propone que debe ser tenida como tercera edición de la novela la de Santiago de Chile, de 1877, en la imprenta de Gutenberg; sin embargo, figura como tercera edición de María, la de Medardo Rivas, de 1878. En esta edición Isaacs anunciaba una definitiva para 1891 con anotaciones, adiciones y correcciones. Ésta sólo aparecería muchos años más tarde, en 1922 (Bogotá, Camacho Roldan y Tamayo), y por haber sido manipulada no es en absoluto fiable.
