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Entendemos por epidemiología molecular los estudios que analizan la diversidad genética de los organismos infecciosos mediante la aplicación de distintas técnicas de laboratorio con objetivos como determinar su naturaleza, establecer su origen más probable, caracterizar una epidemia, conocer las posibles mutaciones relacionadas con patogenicidad, resistencia a los fármacos anti-infecciosos o su persistencia en un ambiente que justifiquen su expansión. En general, se trata de establecer vínculos entre la variabilidad genética del patógeno y su dispersión en la población de hospedadores.