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El color de las semillas varía por la presencia de diferentes pigmentos, como antocianinas, melaninas, carotenoides y flavonoides. Estos pigmentos cumplen funciones como protección contra la luz solar, atracción de dispersores para la reproducción, e incluso comunicación con los animales que las consumen. La variación de color depende de la especie vegetal, la madurez de la semilla, las condiciones ambientales y la genética.