La calabaza se considera hoy en día diploide123. Esto significa que tiene dos copias de cada cromosoma. Sin embargo, el análisis de la secuencia del genoma reveló que entre 3 y 20 millones de años atrás, dos especies ancestrales diferentes combinaron sus genomas para crear un alotetraploide, una nueva especie con cuatro (tetra) copias de cada cromosoma, de dos especies (alo) diferentes123. Con el tiempo, este alotetraploide perdió genes y se convirtió en un organismo diploide
