Vertiente del Amazonas
Tiene un área de 332.000 km2 y está conformada por las cuencas de los ríos de aguas blancas Caquetá, Putumayo, Guayabero-Guaviare, y los ríos de aguas negras Inírida, Apaporis, Mirití Paraná y Yarí. Es una vertiente rica en especies de peces, aves, anfibios y reptiles
La vertiente del Pacífico
Drena las aguas que se generan en el lado occidental de la Cordillera de los Ándes (sierra occidental y costa), a través de 53 cuencas hidrográficas, cuyos ríos desembocan directamente en el Océano Pacífico.
